Sejarah Johor sudah pun bermula pada tahun 800 sebagai suatu petempat perdagangan yang penting. Semasa abad ke-14, kawasan itu menjadi wilayah tanggungan Empayar Majapahit sehingga pemerintahan Kesultanan Melaka (1400-1511) yang mana negeri Johor menjadi pula salah sebuah jajahan pemerintahannya. Pada tahun 1511, Melaka dikuasai oleh pihak Portugis dan Sultan Mahmud Shah, Sultan Melaka ketika itu, melarikan diri ke Pahang dan kemudiannya ke Bentan di Johor.
Kejatuhan Sultan Mahmud Shah
Di Bentan, Sultan Mahmud Shah mengumpulkan semula semua askarnya dan menyerang Melaka beberapa kali dan membuat sekatan perdagangan. Portugis merana kerana banyak serangan dilakukan oleh Sultan Mahmud Shah. Beberapa percubaan untuk menewaskan askar-askar Sultan Mahmud Shah dilakukan. Akhirnya, pada tahun 1526, seangkatan kapal yang besar di bawah Pedro Mascarenhaas dihantar oleh negeri Portugal untuk memusnahkan bandar Bentan. Sultan Mahmud terpaksa melarikan diri melintasi Selat Melaka ke Kampar, Sumatra di mana beliau mangkat. Baginda meninggalkan dua orang putera iaitu Tengku Muzaffar Shah dan Tengku Alauddin Riayat Shah.
Muzaffar Shah seterusnya menjadi Sultan Perak manakala Alauddin Riayat Shah menjadi sultan Johor yang pertama. Kesultanan Johor juga dikenali sebagai "Kesultanan Johor-Riau-Lingga".
Perang Tiga Segi
Sultan Alauddin Riayat Shah menubuhkan sebuah kota di Johor Lama yang terletaknya di tebing Sungai Johor dan dari situ terus melancarkan serangan ke atas kedudukan Portugis di Melaka. Baginda senantiasa bekerjasama dengan saudaranya di Perak dan juga dengan Sultan Pahang untuk menawan semula Melaka (pada ketika itu kota A Famosa telah dibina).
Di sebelah utara Sumatera pula pada masa yang sama, Aceh mula mengembangkan pengaruhnya untuk menguasai Selat Melaka. Selepas kejatuhan Melaka kepada Portugis yang beragama Kristian, pedagang-pedagang Muslim mula menjauhkan diri daripada Melaka dan singgah di Aceh. Melihat keadaan itu Portugis merasa tercabar kerana hasil perdagangannya semakin kurang.
Portugis dan Johor sentiasa berperang menyebabkan Aceh melancarkan serangan ke atas kedua-dua belah pihak. Kebangkitan Aceh di Selat Melaka mengakibatkan Johor dan Portugis berdamai dan bekerjasama melemahkan Aceh. Tetapi selepas Aceh menjadi lemah, Johor dan Portugis kembali berperang.
Belanda dan Melaka
Pada abad ke-17, Belanda tiba di Asia Tenggara. Belanda bukanlah sekutu atau kawan Portugis dan ini menyebabkan Belanda bersekutu dengan Johor untuk memerangi Portugis di Melaka. Akhirnya pada tahun 1641, Belanda dan Johor berjaya menewaskan Portugis. Melaka kemudiannya menjadi milik Belanda sehinggalah Perjanjian Inggeris-Belanda 1824 ditandatangani.
Perang Johor-Jambi
Semasa Perang Tiga Segi, Jambi yang berada di bawah kekuasaan Johor menjadi tumpuan ekonomi dan politik. Pada tahun 1666, Jambi cuba membebaskan diri daripada kekuasaan Johor dan di antara tahun 1666 hingga tahun 1673 terjadilah peperangan di antara Johor dan Jambi. Ibu kota Johor iaitu Batu Sawar dimusnahkan oleh angkatan Jambi. Hal ini menyebabkan ibu kota Johor sentiasa berpindah-randah.
Sepanjang perang itu Jambi yang sentiasa mendapat keuntungan. Tetapi pada tahun 1679, Laksamana Tun Abdul Jalil mengupah askar upahan Bugis untuk bersama-sama dengan tentera Johor menentang Jambi. Tidak lama kemudian Jambi pun tewas.
Pengaruh Bugis
Sultan Mahmud Shah II mangkat pada tahun 1699 tanpa meninggalkan sebarang waris. Melihatkan keadaan itu, Bendahara Abdul Jalil melantik dirinya sebagai sultan baru dengan digelar Sultan Abdul Jalil Riayat Shah IV. Tetapi timbul perasaan tidak puas hati di kalangan pembesar-pembesar lain di atas perlantikan itu.
Orang Bugis yang memainkan peranan penting sewaktu Perang Johor-Jambi mempunyai pengaruh yang kuat di Johor. Selain daripada orang Bugis, orang Minangkabau juga mempunyai pengaruh yang kuat. Orang Bugis dan Minangkabau percaya dengan kematian Sultan Mahmud II, mereka dapat mengembangkan pengaruh mereka di Johor. Di kalangan orang Minangkabau terdapat seorang putera dari Siak iaitu Raja Kecil yang mengaku dirinya sebagai waris tunggal Sultan Mahmud II. Raja Kecil menjanjikan kepada orang Bugis bahawa sekiranya mereka menolongnya menaiki takhta dia akan melantik ketua orang-orang Bugis sebagai Yam Tuan Muda Johor.Pada masa itu orang-orang Bugis telah memberikan alasan untuk pergi ke Selangor bagi mengumpul orang-orangnya sebelum melancarkan serangan. Walau bagaimanapun Raja Kecil telah melancarkan serangan terlebih dahulu setelah terlalu lama menunggu kedatangan orang-orang Bugis. setelah Raja Kecil berjaya menduduki tahta Johor orang-orang Bugis telah datang menuntut janji untuk dilantik sebagai Yam Tuan Muda. Permintaan ini telah tidak diperkenankan oleh Raja Kecil kerana orang-orang Bugis tadi telah tidak memberikan bantuan sebagaimana yang diminta oleh Raja Kecil.
Tidak puas hati dengan perlantikan Raja Kecil, bekas Bendahara Abdul Jalil meminta Daeng Parani ketua orang Bugis untuk menolongnya mendapatkan semula takhta.Permintaan ini telah dipersetujui oleh orang-orang Bugis kerana mereka juga kecewa kerana tidak dapat menuntut jawatan Yam Tuan Muda. Pada tahun 1722, Raja Kecil terpaksa meletakkan takhta kerana pengaruh Bugis. Anak Bendahara Abdul Jalil kemudiannya dilantik menjadi sultan dengan gelaran Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah. Tetapi Sultan Sulaiman hanyalah seorang sultan tetapi tidak mempunyai kuasa kerana Daeng Merewah, daripada orang Bugis yang memegang kuasa sebagai Yamtuan Muda.
Singapura dan British
Pada 1818, Sir Stamford Raffles dilantik menjadi gabenor di Bengkulu, Sumatera. Dia percaya bahawa British perlu menubuhkan sebuah penempatan yang baru di Asia Tenggara sekiranya mereka ingin bersaing dengan Belanda. Walaupun banyak bantahan diterima dalam Syarikat Hindia Timur Inggeris tetapi Gabenor British di India menyebelahinya. Dengan persetujuan gabenor, beliau memulakan ekspedisi mencari penempatan baru.
Raffles tiba di Singapura pada 29 Januari 1819. Dia menjumpai sebuah perkampungan Melayu kecil di muara Sungai Singapura yang diketuai oleh seorang Temenggung Johor. Pulau itu ditadbir oleh Kesultanan Johor tetapi keadaan politiknya tidak stabil. Waris Sultan Johor, Tengku Abdul Rahman dikuasai oleh Belanda dan Bugis. Raffles kemudiannya mengetahui bahawa Tengku Abdul Rahman menjadi sultan hanya kerana abang sulungnya, Tengku Hussein tidak ada semasa ayahnya meninggal dunia. Mengikut adat Melayu, bakal sultan perlu berada disisi sultan sekiranya ingin dilantik menjadi sultan.
Sedar bahawa dia boleh memanipulasikan keadaan ini, Raffles telah menyokong Tengku Hussein untuk menjadi Sultan sekiranya Tengku Hussein sanggup membenarkan British membuka pelabuhan di Singapura dan sebagai balasan British akan membayar wang tahunan kepada Tengku Hussein. Perjanjian ini menjadi sah pada 6 Februari 1819.
Dengan bantuan Temenggung, Raffles berjaya menyeludup Tengku Hussein yang ketika itu tinggal di Riau kembali ke Johor.
Belanda berasa amat tidak puas hati dengan keadaan ini tetapi dengan termeterainya Perjanjian Inggeris-Belanda 1824, Belanda mengakui Singapura menjadi milik British. Perjanjian ini menyebabkan Kesultanan Johor terbahagi kepada dua iaitu Johor moden dan Kesultanan Riau yang baru.
Di dalam Johor yang baru, walaupun Tengku Hussein ialah sultan tetapi Temenggung yang menguasai Johor. Bugis pula menguasai Riau.
Wangsa Bendahara
Pada tahun 1855, di bawah perjanjian di antara British di Singapura dan Sultan Ali dari Johor, kuasa memerintah Johor diserahkan kepada Raja Temenggung Tun Daeng Ibrahim dengan Muar masih lagi di bawah kekuasaan sultan. Muar kemudiannya diserahkan kepada Temenggung Ibrahim pada tahun 1877. Temenggung Ibrahim membuka sebuah bandar iaitu Bandar Tanjung Puteri di selatan Johor dan menjadikannya sebagai sebuah bandar utama. Bandar Tanjung Puteri kemudiannya dikenali sebagai Johor Bahru.
Temenggung Ibrahim kemudiannya digantikan oleh anaknya, Temenggung Abu Bakar yang kemudiannya memegang gelaran Seri Maharaja Johor. Pada tahun 1866, dia dilantik menjadi sultan Johor secara rasmi. Sultan Abu Bakar Daeng Ibrahim memperkenalkan sebuah perlembagaan dan menubuhkan sebuah sistem pentadbiran yang cekap dan berkesan. Baginda juga memerintahkan dibinanya Istana Besar, tempat tinggal rasmi sultan. Sultan Abu Bakar kemudiannya dikenali sebagai Bapa Johor Moden.
Johor juga menikmati pembangunan ekonomi yang cemerlang. Permintaan lada hitam dan gambir yang tinggi pada kurun ke-19 menyebabkan pembukaan ladang-ladang baru dan kemasukan buruh Cina secara beramai-ramai. Sistem Kangchu dilaksanakan.
Pada tahun 1914, Sultan Ibrahim ibni Sultan Abu Bakar terpaksa menerima seorang Residen British.
Malaysia dan Johor
Perang Dunia II meletus pada tahun 1939. British yang bertanggungjawab dalam aspek pertahanan Johor dikalahkan dengan mudah oleh tentera Jepun. Jepun menduduki Johor dari tahun 1941 hingga tahun 1945.
Selepas tamatnya peperangan, British kembali ke Johor dan pada tahun 1946, Johor menjadi sebahagian daripada Malayan Union. Nasionalisme Melayu yang diketuai oleh Dato' Onn Jaafar daripada UMNO menyebabkan Malayan Union dibatalkan dan digantikan dengan Persekutuan Tanah Melayu. Tanah Melayu kemudiannya mencapai kemerdekaan pada 31 Ogos 1957 dan kemudiannya pada tahun 1963, Johor adalah salah satu daripada 14 buah negeri yang menyertai Malaysia.
